### R code from vignette source 'RBiocForEveryone.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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library(Biostrings)


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### code chunk number 2: data-types
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df <- data.frame(
          age = c(27, 32, 19),
          sex = factor(c("Male", "Female", NA)))
df


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### code chunk number 3: functions
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y <- 5:1    # vector: 5, 4, 3, 2, 1
log(y)      # log of each element, 'vectorized'
args(log)   # discovery; argument 'base' has default
log(base=2, y) # match by name, then position


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### code chunk number 4: classes-and-methods
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x <- rnorm(1000, sd=1); y <- x + rnorm(1000, sd=.5)
fit <- lm(y ~ x); class(fit)
head(methods(class=class(fit)), 3)
anova(fit)


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### code chunk number 5: S4
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library(Biostrings)
dna <- DNAStringSet(c("AACA", "ATTA"))
## showMethods(class=class(dna),
##     where=search())
alphabetFrequency(dna, baseOnly=TRUE)


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### code chunk number 6: biocLite (eval = FALSE)
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## source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("ShortRead")  # install 'ShortRead' package
## biocLite()             # update all installed packages
## library(ShortRead)     # attach to current session


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### code chunk number 7: help (eval = FALSE)
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## help.start()
## ?data.frame
## ?anova
## ?anova.lm     # anova generic, method for class lm
## class ? DNAStringSet
## method ? "alphabetFrequency,DNAStringSet"
## vignette("GenomicRangesIntroduction", "GenomicRanges")
## help(package="Biostrings")
## RShowDoc("R-intro")