###################################################
### chunk number 1: setup
###################################################
options(width=60)
olocale = Sys.setlocale(locale="C")


###################################################
### chunk number 2: sourceBiocLite2 eval=FALSE
###################################################
## source("http://wilson2/biocLite.R")


###################################################
### chunk number 3: sourceBiocLite1 eval=FALSE
###################################################
## ## don't use this one during the course, please
## source("http://bioconductor.org/biocLite.R")


###################################################
### chunk number 4: helpEx1 eval=FALSE
###################################################
## help("help")
## ?c


###################################################
### chunk number 5: argsEx eval=FALSE
###################################################
## args(update.packages)


###################################################
### chunk number 6: startHelp eval=FALSE
###################################################
## help.start()


###################################################
### chunk number 7: installedPackages eval=FALSE
###################################################
## pkgs <- installed.packages()


###################################################
### chunk number 8: loadShortRead
###################################################
suppressMessages(library("ShortRead"))


###################################################
### chunk number 9: showMethods1 eval=FALSE
###################################################
## showMethods(classes = "X", where = getNamespace("SomePackage"))


###################################################
### chunk number 10: availablePkgs eval=FALSE
###################################################
## contrib <- contrib.url(biocinstallRepos())
## pkgs <- available.packages(contrib)


###################################################
### chunk number 11: sessionInfo
###################################################
toLatex(sessionInfo())