###################################################
### chunk number 1: setup
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options(width=46)
set.seed(0)
library(IRanges)
plotRanges <- function(x, xlim = x, main = deparse(substitute(x)),
                       col = "black", sep = 0.5, ...) 
{
  height <- 1
  if (is(xlim, "Ranges"))
    xlim <- c(min(start(xlim)), max(end(xlim)))
  bins <- disjointBins(IRanges(start(x), end(x) + 1))
  plot.new()
  plot.window(xlim, c(0, max(bins)*(height + sep)))
  ybottom <- bins * (sep + height) - height
  rect(start(x)-0.5, ybottom, end(x)+0.5, ybottom + height, col = col, ...)
  title(main)
  axis(1)
}


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### chunk number 2: naive-RangedData-1
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chr <- c("chr1", "chr2", "chr1")
strand <- c("+", "+", "-")
start <- c(3L, 4L, 1L)
end <- c(7L, 5L, 3L)
naiveTable <- data.frame(chr = chr, strand = strand, start = start, end = end)
naiveTable


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### chunk number 3: naive-RangedData-2
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by(naiveTable, naiveTable[["chr"]], function(x) range(x[c("start", "end")]))


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### chunk number 4: RangedData-construction
###################################################
rdTable <- RangedData(ranges = IRanges(start=start, end=end), strand = strand, space = chr)


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### chunk number 5: RangedData-display
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rdTable


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### chunk number 6: RangedData-computation
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range(ranges(rdTable))


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### chunk number 7: ranges-construct
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ir <- IRanges(c(1, 8, 14, 15, 19, 34, 40), 
              width=c(12, 6,  6, 15, 6, 2, 7))
strand <- rep(c("+", "-"), c(4,3))
rd <- RangedData(ranges = ir, strand = strand, space = "chr1")


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### chunk number 8: ranges-plot
###################################################
plotRanges(ranges(rd)[["chr1"]])


###################################################
### chunk number 9: ranges-start
###################################################
start(rd)


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### chunk number 10: ranges-end
###################################################
end(rd)


###################################################
### chunk number 11: ranges-width
###################################################
width(rd)


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### chunk number 12: ranges-subset
###################################################
rd[1:5,]


###################################################
### chunk number 13: ranges-shift
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rd2 <- rd
ranges(rd2) <- shift(ranges(rd2), 1)
rd2


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### chunk number 14: ranges-resize-1
###################################################
rd3 <- rd
pos <- values(rd3)[,"strand"] == "+"
ranges(rd3)[pos] <- resize(ranges(rd)[pos], 120)
ranges(rd3)[!pos] <- resize(ranges(rd)[!pos], 120, start = FALSE)


###################################################
### chunk number 15: ranges-resize-2
###################################################
rd3


###################################################
### chunk number 16: ranges-restrict
###################################################
ranges(rd3) <- restrict(ranges(rd3), 1)
rd3


###################################################
### chunk number 17: ranges-reduce
###################################################
reduce(ranges(rd))


###################################################
### chunk number 18: ranges-reduce-plot
###################################################
plotRanges(reduce(ranges(rd))[["chr1"]])


###################################################
### chunk number 19: ranges-gaps
###################################################
gaps(ranges(rd))


###################################################
### chunk number 20: ranges-gaps-plot
###################################################
plotRanges(gaps(ranges(rd))[["chr1"]], ranges(rd)[["chr1"]])


###################################################
### chunk number 21: ranges-disjoin
###################################################
disjoin(ranges(rd))


###################################################
### chunk number 22: ranges-disjoin-plot
###################################################
plotRanges(disjoin(ranges(rd))[["chr1"]])


###################################################
### chunk number 23: ranges-overlap
###################################################
ol <- findOverlaps(ranges(rd), reduce(ranges(rd)))
as.matrix(ol)


###################################################
### chunk number 24: ranges-coverage
###################################################
cover <- coverage(ranges(rd))


###################################################
### chunk number 25: ranges-coverage-plot
###################################################
cover <- coverage(ranges(rd))
plotRanges(ranges(rd)[["chr1"]])
cover <- as.integer(cover[["chr1"]])
mat <- cbind(seq_along(cover)-0.5, cover)
d <- diff(cover) != 0
mat <- rbind(cbind(mat[d,1]+1, mat[d,2]), mat)
mat <- mat[order(mat[,1]),]
lines(mat, col="red", lwd=4)
axis(2)


###################################################
### chunk number 26: sequences-example
###################################################
s <- c(rep(0, 40), 
       rep(c(1:10, seq(10, 1, -2), rep(1,6), seq(1,5,2), rep(5, 5), 4:1), 
           rep(1:3, 11)),
       rep(0, 50))


###################################################
### chunk number 27: sequences-example-plot
###################################################
plot(s, type="l")


###################################################
### chunk number 28: sequences-diff
###################################################
sum(diff(s) == 0)


###################################################
### chunk number 29: sequences-rle
###################################################
sRle <- Rle(s)
sRle


###################################################
### chunk number 30: rle-basic
###################################################
sRle > 0 | rev(sRle) > 0


###################################################
### chunk number 31: rle-summary
###################################################
sum(sRle > 0)


###################################################
### chunk number 32: rle-cor
###################################################
cor(sRle, rev(sRle))


###################################################
### chunk number 33: views-sequence-plot
###################################################
plot(s, type="l")
abline(h = 3, col="red")


###################################################
### chunk number 34: views-rle
###################################################
Views(sRle, as(sRle > 3, "IRanges"))


###################################################
### chunk number 35: views-slice
###################################################
sViews <- slice(sRle, 4)
sViewsList <- RleViewsList(slice(sRle, 4), slice(rev(sRle), 4))


###################################################
### chunk number 36: views-viewSums
###################################################
viewSums(sViews)
viewSums(sViewsList)


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### chunk number 37: views-viewMaxs
###################################################
viewMaxs(sViews)
viewMaxs(sViewsList)