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### chunk number 1: setup
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options(width=40)
set.seed(0)
library(IRanges)
plotRanges <- function(x, xlim = x, main = deparse(substitute(x)),
                       col = "black", sep = 0.5, ...) 
{
  height <- 1
  if (is(xlim, "Ranges"))
    xlim <- c(min(start(xlim)), max(end(xlim)))
  bins <- disjointBins(IRanges(start(x), end(x) + 1))
  plot.new()
  plot.window(xlim, c(0, max(bins)*(height + sep)))
  ybottom <- bins * (sep + height) - height
  rect(start(x)-0.5, ybottom, end(x)+0.5, ybottom + height, col = col, ...)
  title(main)
  axis(1)
}


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### chunk number 2: sequences-example
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s <- c(rep(0, 40), 
       rep(c(1:10, seq(10, 1, -2), rep(1,6), seq(1,5,2), rep(5, 5), 4:1), 
           rep(1:3, 11)),
       rep(0, 50))


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### chunk number 3: sequences-example-plot
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plot(s, type="l")


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### chunk number 4: sequences-diff
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sum(diff(s) == 0)


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### chunk number 5: sequences-rle
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sRle <- Rle(s)
sRle


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### chunk number 6: rle-basic
###################################################
sRle > 0 | rev(sRle) > 0


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### chunk number 7: rle-summary
###################################################
sum(sRle > 0)


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### chunk number 8: rle-cor
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cor(sRle, rev(sRle))


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### chunk number 9: ranges-construct
###################################################
ir <- IRanges(c(1, 8, 14, 15, 19, 34, 40), 
              width=c(12, 6,  6, 15, 6, 2, 7))


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### chunk number 10: ranges-plot
###################################################
plotRanges(ir)


###################################################
### chunk number 11: ranges-start
###################################################
start(ir)


###################################################
### chunk number 12: ranges-end
###################################################
end(ir)


###################################################
### chunk number 13: ranges-width
###################################################
width(ir)


###################################################
### chunk number 14: ranges-subset
###################################################
ir[1:5]


###################################################
### chunk number 15: ranges-reduce
###################################################
reduce(ir)


###################################################
### chunk number 16: ranges-reduce-plot
###################################################
plotRanges(reduce(ir))


###################################################
### chunk number 17: ranges-gaps
###################################################
gaps(ir)


###################################################
### chunk number 18: ranges-gaps-plot
###################################################
plotRanges(gaps(ir), ir)


###################################################
### chunk number 19: ranges-disjoin
###################################################
disjoin(ir)


###################################################
### chunk number 20: ranges-disjoin-plot
###################################################
plotRanges(disjoin(ir))


###################################################
### chunk number 21: ranges-overlap
###################################################
ol <- overlap(reduce(ir), ir)
as.matrix(ol)


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### chunk number 22: ranges-coverage
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cov <- coverage(ir)


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### chunk number 23: ranges-coverage-plot
###################################################
plotRanges(ir)
cov <- as.vector(cov)
mat <- cbind(seq_along(cov)-0.5, cov)
d <- diff(cov) != 0
mat <- rbind(cbind(mat[d,1]+1, mat[d,2]), mat)
mat <- mat[order(mat[,1]),]
lines(mat, col="red", lwd=4)
axis(2)


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### chunk number 24: views-sequence-plot
###################################################
plot(s, type="l")
abline(h = 3, col="red")


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### chunk number 25: views-rle
###################################################
Views(sRle, as(sRle > 3, "IRanges"))


###################################################
### chunk number 26: views-slice
###################################################
sViews <- slice(sRle, 4)


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### chunk number 27: views-viewSums
###################################################
viewSums(sViews)


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### chunk number 28: views-viewMaxs
###################################################
viewMaxs(sViews)