################################################### ### chunk: aprop ################################################### apropos("mean") find("mean") ################################################### ### chunk: helpsearch eval=FALSE ################################################### ## help.search("mean") ################################################### ### chunk: exHelp1print eval=FALSE ################################################### ## apropos("plot") ################################################### ### chunk: exHelp2 eval=FALSE ################################################### ## help.search("mann-whitney") ################################################### ### chunk: exHelp3 eval=FALSE ################################################### ## library("Biobase") ## openVignette("Biobase") ################################################### ### chunk: biocLiteEx eval=FALSE ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## biocLite(c("graph", "xtable")) ################################################### ### chunk: updatepackagesEx eval=FALSE ################################################### ## source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ## update.packages(repos=biocinstallRepos(), ask=FALSE) ################################################### ### chunk: exSession eval=FALSE ################################################### ## sessionInfo() ################################################### ### chunk: ex0sol1 ################################################### x = c(0.1, 1.1, 2.5, 10) y = 1:100 z = y < 10 pets = c(Rex="dog", Garfield="cat", Tweety="bird") ################################################### ### chunk: ex0sol2 ################################################### 2 * x + c(1,2) ################################################### ### chunk: ex0sol3 ################################################### ##logical y[z] ## integer y[1:4] y[-(1:95)] ## character pets["Garfield"] ################################################### ### chunk: ex0sol4 ################################################### m = matrix(1:12, ncol=4) m[1,3] ################################################### ### chunk: ex0sol5 ################################################### l = list(name="Paul", sex=factor("male"), age=35) l$name l[[3]] ################################################### ### chunk: simpleFun ################################################### sq1 = function(x) return(x*x) sq2 = function(x) x*x ################################################### ### chunk: ppc ################################################### ppc = function(x) paste("^", x, sep="") ################################################### ### chunk: map ################################################### library("hgu95av2") hgu95av2MAP$"1001_at" ################################################### ### chunk: eApply1 ################################################### myPos = eapply(hgu95av2MAP, function(x) grep("^17p", x, value=TRUE)) myPos = unlist(myPos) length(myPos) ################################################### ### chunk: eApply2 ################################################### f17p = function(x) grep("^17p", x, value=TRUE) myPos2 = eapply(hgu95av2MAP, f17p) myPos2 = unlist(myPos2) identical(myPos, myPos2) ################################################### ### chunk: ans2 ################################################### myFindMap = function(mapEnv, which) { myg = ppc(which) a1 = eapply(mapEnv, function(x) grep(myg, x, value=TRUE)) unlist(a1) } ################################################### ### chunk: envEx ################################################### e1 = new.env(hash=TRUE) e1$a = rnorm(10) e1$b = runif(20) ls(e1) xx = as.list(e1) names(xx) rm(a, envir=e1) ################################################### ### chunk: ex2Sol1 ################################################### theEnv = new.env(hash=TRUE) theEnv$locations = myFindMap(hgu95av2MAP, 18) ################################################### ### chunk: ex2Sol2 ################################################### theEnv$strip = function(x) gsub("18", "", x) ################################################### ### chunk: ex2Sol3 ################################################### myExtract = function(env) env$strip(env$locations) myExtract(theEnv)[1:5] ################################################### ### chunk: convert eval=FALSE ################################################### ## library(convert) ## as(object, "ExpressionSet") ################################################### ### chunk: read-table-geneData ################################################### dataDirectory <- system.file("extdata", package="Biobase") exprsFile = file.path(dataDirectory, "exprsData.txt") exprs = as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep="\t", row.names=1, as.is=TRUE)) ################################################### ### chunk: exprsFile eval=FALSE ################################################### ## exprsFile = "c:/path/to/exprsData.txt" ################################################### ### chunk: geneData-peak ################################################### class(exprs) dim(exprs) colnames(exprs) head(exprs) ################################################### ### chunk: pData ################################################### pDataFile = file.path(dataDirectory, "pData.txt") pData = read.table(pDataFile, row.names=1, header=TRUE, sep="\t") dim(pData) rownames(pData) summary(pData) ################################################### ### chunk: geneCovariate-geneData-name-match ################################################### all(rownames(pData) == colnames(exprs)) ################################################### ### chunk: rtclass ################################################### class(pData) ################################################### ### chunk: colnames ################################################### names(pData) ################################################### ### chunk: sapplyClasses ################################################### sapply(pData, class) ################################################### ### chunk: simpleSubsetting ################################################### pData[c(15, 20), c("gender", "type")] pData[pData$score > 0.8,] ################################################### ### chunk: metadata-create ################################################### metadata = data.frame(labelDescription= c("Patient gender", "Case/control status", "Tumor progress on XYZ scale"), row.names=c("gender", "type", "score")) ################################################### ### chunk: AnnotatedDataFrame ################################################### adf = new("AnnotatedDataFrame", data=pData, varMetadata=metadata) adf ################################################### ### chunk: AnnotatedDataFrame-subset ################################################### head(pData(adf)) adf[c("A","Z"), "gender"] pData(adf[adf$score > 0.8,]) ################################################### ### chunk: annotation ################################################### annotation = "hgu95av2" ################################################### ### chunk: R.MIAME ################################################### experimentData = new("MIAME", name="Pierre Fermat", lab="Francis Galton Lab", contact="pfermat@lab.not.exist", title="Smoking-Cancer Experiment", abstract="An example ExpressionSet", url="www.lab.not.exist", other=list(notes="Created from text files")) ################################################### ### chunk: ExpressionSetFinally ################################################### exampleSet = new("ExpressionSet", exprs=exprs, phenoData=adf, experimentData=experimentData, annotation="hgu95av2") ################################################### ### chunk: ExpressionSet-minimal ################################################### minimalSet = new("ExpressionSet", exprs=exprs) ################################################### ### chunk: helpExpressionSet eval=FALSE ################################################### ## help("ExpressionSet-class") ################################################### ### chunk: showExpressionSet ################################################### exampleSet ################################################### ### chunk: usingDollar ################################################### exampleSet$gender[1:5] exampleSet$gender[1:5] == "Female" ################################################### ### chunk: featureNames ################################################### featureNames(exampleSet)[1:5] ################################################### ### chunk: sampleNames ################################################### sampleNames(exampleSet)[1:5] varLabels(exampleSet) ################################################### ### chunk: exprs ################################################### mat = exprs(exampleSet) dim(mat) adf = phenoData(exampleSet) adf ################################################### ### chunk: first10 ################################################### vv = exampleSet[1:5, 1:3] dim(vv) featureNames(vv) sampleNames(vv) ################################################### ### chunk: males ################################################### males = exampleSet[, exampleSet$gender == "Male"] males ################################################### ### chunk: dotplot ################################################### x = exprs(exampleSet[, 1]) y = exprs(exampleSet[, 3]) plot(x=x, y=y, log="xy") ################################################### ### chunk: ex5Sol1 ################################################### plot(x=x, y=y, log="xy", xlab="gene expression sample #1", ylab="gene expression sample #3", main="scatterplot of expression intensities", pch=20) abline(a=0, b=1) ################################################### ### chunk: pregcc ################################################### library("CLL") library("matchprobes") library("hgu95av2probe") library("hgu95av2cdf") library("RColorBrewer") data("CLLbatch") bases = basecontent(hgu95av2probe$sequence) ################################################### ### chunk: matchgcc ################################################### iab = with(hgu95av2probe, xy2indices(x, y, cdf="hgu95av2cdf")) probedata = data.frame( int = rowMeans(log2(exprs(CLLbatch)[iab, ])), gc = bases[, "C"] + bases[, "G"]) ################################################### ### chunk: boxplotgcc ################################################### colorfunction = colorRampPalette(brewer.pal(9, "GnBu")) mycolors = colorfunction(length(unique(probedata$gc))) label = expression(log[2]~intensity) boxplot(int ~ gc, data=probedata, col=mycolors, outline=FALSE, xlab="Number of G and C", ylab=label, main="") ################################################### ### chunk: dens1 ################################################### tab = table(probedata$gc) gcUse = as.integer(names(sort(tab, decreasing=TRUE)[1:10])) gcUse ################################################### ### chunk: densplotgcc ################################################### library("geneplotter") multidensity(int ~ gc, data=subset(probedata, gc %in% gcUse), xlim=c(6, 11), col=colorfunction(12)[-(1:2)], lwd=2, main="", xlab=label) ################################################### ### chunk: ex6Sol1 ################################################### multiecdf(int ~ gc, data=subset(probedata, gc %in% gcUse), xlim=c(6, 11), col=colorfunction(12)[-(1:2)], lwd=2, main="", ylab="ECDF")