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### chunk number 1: libraries
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library("marray")
library("arrayQuality")
library("limma")
library("vsn")
library("beta7")  
library("convert")


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### chunk number 2: read
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datadir <- system.file("beta7", package="beta7")
filename <- list.files(path=datadir,pattern="\\.gpr$")
f <- function(x) as.numeric(x$Flags > -75)
RG <- read.maimages(file.path(datadir,filename), source="genepix", wt.fun=f)
TargetInfo <- read.marrayInfo(file.path(datadir, "TargetBeta7.txt"))
RG$printer <- getLayout(RG$genes)


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### chunk number 3: bgCorrect
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RGsu <- backgroundCorrect(RG, method="subtract")  # the default
RGno <- backgroundCorrect(RG, method="none")
RGne <- backgroundCorrect(RG, method="normexp")


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### chunk number 4: plotRes1
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plotMA3by2(RGsu, prefix="MAsu")
plotMA3by2(RGno, prefix="MAno")
plotMA3by2(RGne, prefix="MAne")


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### chunk number 5: normalize
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MAmed <- normalizeWithinArrays(RG,method="median",bc.method="normexp")
MAlo <- normalizeWithinArrays(RG,method="loess",bc.method="normexp")
MApt <- normalizeWithinArrays(RG,method="printtiploess",bc.method="normexp")
MAvsn <- normalizeBetweenArrays(RGne,method="vsn")


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### chunk number 6: plotRes2
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oldpar<-par()
nf <- matrix(c(1,2,3,4), 2, 2, byrow = TRUE)
layout(nf)
plotMA(MAmed[,1],main="median normalization")
abline(a=1,b=0,col="blue")
abline(a=0,b=0,col="red")
abline(a=-1,b=0,col="blue")
plotMA(MAlo[,1],main="loess")
abline(a=1,b=0,col="blue")
abline(a=0,b=0,col="red")
abline(a=-1,b=0,col="blue")
plotMA(MApt[,1],main="print-tip loess")
abline(a=1,b=0,col="blue")
abline(a=0,b=0,col="red")
abline(a=-1,b=0,col="blue")
plotMA(MAvsn[,1],main="vsn")
abline(a=1,b=0,col="blue")
abline(a=0,b=0,col="red")
abline(a=-1,b=0,col="blue")
par(oldpar)


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### chunk number 7: normalizationBetween
###################################################
 MAquantile <- normalizeBetweenArrays(MApt,method="quantile")
 MAvsn <- normalizeBetweenArrays(RGne,method="vsn")


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### chunk number 8: plotDensities
###################################################
 oldpar<-par()
 layout(matrix(c(1,2),1,2,byrow=TRUE))
 plotDensities(MAquantile)
 plotDensities(MAvsn)
 par(oldpar)


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### chunk number 9: convert
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class(MAvsn)
MAvsn <- as(MAvsn,"marrayNorm")
class(MAvsn)
MAvsn <- as(MAvsn,"MAList")
class(MAvsn)
vsnExpr <- as(MAvsn,"expressionSet")